Hypsolebias mediopapillatus apresenta um quadro conservacionista particularmente preocupante devido à combinação de microendemismo, pequena quantidade de habitats conhecidos e transformação documentada de sua principal localidade histórica.

A espécie é classificada globalmente como Vulnerável (VU), segundo o critério D2, condição compatível com espécies de distribuição extremamente restrita e suscetíveis a alterações capazes de afetar rapidamente grande parte de sua população. Também é reconhecida como ameaçada no Brasil e integra o Plano de Ação Nacional para a Conservação dos Peixes Rivulídeos Ameaçados de Extinção — PAN Rivulídeos, 2º ciclo.

Diferentemente de muitas espécies para as quais as ameaças são inferidas apenas a partir das características gerais da região, no caso de H. mediopapillatus existe uma sequência histórica de alterações diretamente observadas em sua principal localidade.

Em 2002, a poça apresentava densa vegetação aquática e arbustos marginais. Em 2005, havia gado na área e a vegetação original havia sido substituída por gramíneas, embora H. mediopapillatus permanecesse abundante. Em 2017, o ambiente encontrava-se fortemente modificado e a antiga poça temporária havia sido transformada em um corpo d'água permanente, no qual foram registrados apenas pequenos Characiformes.

A causa específica dessa transformação hidrológica não foi demonstrada pela literatura disponível e, portanto, não deve ser atribuída sem evidência a barramento, escavação, estrada ou qualquer empreendimento determinado. O fato comprovado é a perda da condição sazonal original do habitat.

Para um peixe anual, essa transformação pode ser tão grave quanto a drenagem completa de uma poça. A dessecação periódica integra o ciclo ecológico dessas espécies e influencia a sobrevivência dos ovos em diapausa, a composição da comunidade e a exclusão de muitos predadores e competidores incapazes de persistir durante a fase seca. A permanência contínua da água pode permitir a colonização por peixes não anuais e modificar profundamente as condições necessárias à manutenção da população.

A pecuária constitui outra pressão diretamente documentada. Além da remoção e substituição da vegetação, o acesso de bovinos a pequenas depressões temporárias pode provocar pisoteio, compactação do solo e alterações da estrutura das margens. Como os ovos de H. mediopapillatus permanecem enterrados durante a estação seca, o substrato aparentemente desocupado continua constituindo habitat biologicamente ativo.

A proximidade da BR-122 representa ainda um elemento territorial que merece monitoramento. Intervenções viárias, terraplenagem, alteração de drenagens, implantação ou substituição de bueiros e mudanças no escoamento superficial podem modificar o hidroperíodo de poças extremamente pequenas. Entretanto, não há evidência suficiente para atribuir à rodovia a transformação já observada na localidade-tipo.

Embora existam outras atividades econômicas e grandes empreendimentos na região de Pindaí, não há, até o momento, demonstração espacial suficientemente robusta de impacto direto de mineração ou empreendimentos eólicos sobre as localidades conhecidas da espécie. Esses fatores devem ser considerados pressões territoriais regionais a investigar, e não ameaças diretas comprovadas.

A situação das demais poças nas quais H. mediopapillatus foi historicamente encontrada é hoje uma das principais lacunas de conhecimento. Não há evidência suficiente para afirmar que todas tenham sido destruídas, mas também não foram localizados registros recentes capazes de demonstrar com segurança a persistência atual das populações silvestres. Por isso, a ausência da espécie na poça principal em 2017 não permite classificá-la como extinta na natureza ou mesmo confirmar sua extirpação definitiva da localidade, mas constitui um sinal de alerta importante.

Nesse contexto, merece especial atenção a existência de uma linhagem mantida em aquário sob a denominação Hypsolebias mediopapillatus “Pindaí”, registrada entre criadores de killifishes inclusive em anos recentes. Esse estoque ex situ pode possuir elevado valor conservacionista, sobretudo diante das incertezas sobre a situação das populações naturais. Contudo, antes de qualquer utilização em programas formais de conservação ou eventual reintrodução, seria indispensável reconstruir sua procedência, avaliar a continuidade genealógica da linhagem e caracterizar sua diversidade e identidade genética.

As prioridades para a conservação da espécie são, portanto, revisitar sistematicamente o núcleo histórico de Pindaí, localizar e georreferenciar todas as poças temporárias remanescentes, confirmar a presença de populações silvestres, avaliar a integridade do banco de ovos e do regime hidrológico, esclarecer sua relação taxonômica com espécies próximas e caracterizar geneticamente a linhagem mantida ex situ.

Hypsolebias mediopapillatus representa um exemplo particularmente claro de que a conservação dos peixes anuais depende não apenas de impedir a destruição física das poças, mas de preservar sua sazonalidade, substrato, vegetação, microtopografia e dinâmica natural de inundação e dessecação. Um corpo d'água pode continuar existindo na paisagem e, ainda assim, deixar de constituir habitat adequado para uma espécie anual.