Hypsolebias martinsi apresenta elevada vulnerabilidade por combinar distribuição restrita, dependência de ambientes temporários muito pequenos e ocorrência em paisagens submetidas a diferentes formas de transformação antrópica.

A espécie é atualmente considerada Em Perigo (EN) sob os critérios B1ab(iii)+2ab(iii), refletindo sua área de distribuição limitada, pequena área de ocupação e o declínio continuado observado ou inferido na qualidade de seus habitats.

Na região de Amontada, onde se encontra a localidade-tipo, a principal preocupação está relacionada ao rápido processo de transformação da faixa costeira. A expansão do turismo, da ocupação imobiliária, dos loteamentos e da infraestrutura associada ao desenvolvimento regional vem alterando progressivamente a paisagem. A região também abriga empreendimentos de geração eólica e infraestrutura associada. Embora não haja evidência documental de que qualquer empreendimento específico tenha destruído diretamente a poça-tipo, o conjunto dessas transformações aumenta a vulnerabilidade de ambientes temporários pequenos e pouco perceptíveis na paisagem.

Nas localidades atribuídas à espécie na bacia do rio Mundaú, as ameaças são diferentes e foram observadas diretamente em campo. Uma das poças está inserida em área utilizada para cultivo de milho e feijão e criação de bovinos. Na outra localidade, além da agricultura, há criação de bovinos e ovinos, bem como extração de areia na planície de inundação do rio Cruxati.

Essas atividades são particularmente preocupantes para peixes anuais porque o substrato seco constitui parte essencial do habitat. Durante a estação sem chuvas, os ovos permanecem enterrados no solo e representam toda a população. Assim, aração, compactação, nivelamento, remoção de areia, escavação, tráfego de máquinas ou qualquer alteração da microtopografia podem destruir o banco de ovos mesmo quando a poça está completamente seca e aparentemente desocupada.

A extração de areia no sistema do rio Cruxati merece atenção especial. A retirada de sedimentos pode alterar a cota da planície de inundação, modificar o escoamento superficial, remover substratos contendo ovos e alterar o hidroperíodo das depressões temporárias. Por isso, a localidade do Cruxati deve ser considerada uma das ocorrências de maior prioridade para monitoramento.

Outro fator importante é a aparente ausência de proteção territorial específica. Até o momento, não há evidência de que as localidades conhecidas de H. martinsi estejam inseridas em unidades de conservação especificamente capazes de proteger suas poças temporárias. A espécie está incluída no PAN Rivulídeos – 2º ciclo, mas a existência de um instrumento nacional de conservação não equivale à proteção física dos ambientes onde ela ocorre.

Existe ainda uma questão taxonômica com implicações conservacionistas relevantes. As populações atribuídas a H. martinsi na bacia do Mundaú apresentam pequenas diferenças morfológicas em relação à população de Amontada e ainda necessitam de confirmação por análises integrativas. Caso representem realmente H. martinsi, ampliam sua distribuição conhecida. Caso constituam uma linhagem independente, a área efetiva da espécie poderá ser consideravelmente menor do que atualmente admitido, enquanto as populações do Mundaú poderiam representar outro táxon microendêmico ainda não reconhecido formalmente.

Apesar das ameaças existentes, há um aspecto positivo: exemplares provenientes da região de Amontada foram utilizados em estudos moleculares recentes, confirmando a persistência da espécie na região-tipo em período posterior à sua descrição. Portanto, diferentemente de alguns rivulídeos cuja população histórica não voltou a ser localizada, H. martinsi não deve ser considerada desaparecida de sua área original.

Sua conservação, porém, exige atenção imediata à integridade dos ambientes temporários. A proteção deve abranger não apenas a lâmina d'água durante a estação chuvosa, mas toda a depressão, seu substrato, a microtopografia e a dinâmica de inundação durante o ano inteiro.

As prioridades mais importantes são o monitoramento periódico das localidades conhecidas, a confirmação taxonômica das populações do Mundaú, a identificação de novas ocorrências e a incorporação das poças temporárias aos processos de planejamento territorial e licenciamento ambiental.

Em síntese, Hypsolebias martinsi permanece ameaçada não por um único impacto isolado, mas pela soma de agricultura, pecuária, extração de areia, urbanização, expansão imobiliária e alterações da paisagem costeira, todas incidindo sobre um tipo de habitat extremamente pequeno, temporário e facilmente destruído antes mesmo de ser reconhecido como ambiente ocupado por uma espécie ameaçada.