A expansão das atividades agropecuárias é a  principal ameaça e relaciona também agricultura, pecuária, captação de água subterrânea, herbicidas, pesticidas e resíduos sólidos entre as pressões relevantes. Essas ameaças devem ser consideradas seriamente diante da transformação territorial de Bom Jesus da Lapa: aproximadamente 37% do município já possui uso agropecuário, e a região tornou-se um dos grandes polos brasileiros de agricultura irrigada.

A escala da infraestrutura hídrica existente no município demonstra a intensidade dessa transformação. O Projeto Formoso possui centenas de quilômetros de canais, adutoras, estradas e drenos e dezenas de estações de bombeamento destinadas à agricultura irrigada. Embora não tenha sido encontrada evidência suficiente para afirmar que a única poça de H. harmonicus esteja dentro desse perímetro irrigado ou seja diretamente afetada por sua infraestrutura, esse contexto regional ajuda a compreender as pressões sobre pequenas áreas úmidas do médio São Francisco.

As ameaças associadas à atividade agropecuária não são apenas teóricas. Em maio de 2025, fiscalização ambiental realizada em propriedades rurais de Bom Jesus da Lapa constatou, entre outras irregularidades, armazenamento inadequado de agrotóxicos e supressão de vegetação nativa sem autorização. Estudos realizados anteriormente no perímetro irrigado do município também identificaram problemas relacionados ao manejo de pesticidas. Esses registros não demonstram contaminação da localidade de H. harmonicus, mas confirmam a existência regional dos mesmos fatores de risco apontados pelo ICMBio.

A disponibilidade de água constitui outra preocupação. Bom Jesus da Lapa está inserida em uma região semiárida sujeita a estiagens severas e com forte demanda hídrica pela agricultura irrigada. Alterações na drenagem ou no nível das águas subterrâneas podem modificar o hidroperíodo das pequenas depressões sazonais, reduzindo o tempo durante o qual permanecem inundadas. Para um peixe anual, isso pode comprometer crescimento, reprodução e reposição do banco de ovos antes que a poça volte a secar.

Existe ainda uma característica frequentemente ignorada nos processos de ocupação rural: uma poça de peixe anual não deixa de ser habitat quando seca. Durante a estiagem, a população permanece representada pelos ovos em diapausa enterrados no substrato. Escavação, aração, compactação, drenagem, transformação da depressão em reservatório ou bebedouro e movimentação do solo podem destruir a população mesmo quando nenhum peixe ou corpo d'água é visível.

Essa possibilidade já possui precedente entre os rivulídeos ameaçados da Bahia.  A única poça conhecida de Hypsolebias lopesi, situada em propriedade rural, foi escavada e perenizada para utilização como bebedouro de gado; campanhas posteriores não conseguiram reencontrar a espécie. O caso demonstra como uma intervenção rural aparentemente pequena pode comprometer toda a população conhecida de um peixe anual extremamente localizado.

No caso de H. harmonicus, não foi encontrada até o momento evidência de destruição ou alteração irreversível de sua localidade-tipo. Também não foi identificado documento que permita atribuir impacto direto à poça a determinado empreendimento agrícola. Essa distinção é importante. Entretanto, tampouco foi localizada documentação pública demonstrando proteção territorial específica ou monitoramento contínuo da única localidade conhecida, apesar de a espécie estar formalmente reconhecida como ameaçada e de seus principais fatores de risco ocorrerem na região.

O caso evidencia, portanto, a diferença entre proteção normativa e proteção territorial efetiva. A inclusão de H. harmonicus nas listas de espécies ameaçadas e nos instrumentos nacionais de conservação é fundamental, mas a sobrevivência de uma espécie conhecida de uma única poça depende, em última análise, da preservação física daquele pequeno ambiente, de sua vegetação marginal, do substrato contendo ovos e da dinâmica hidrológica que permite seu reaparecimento a cada período chuvoso.

Para Hypsolebias harmonicus, a prioridade conservacionista deveria ser inequívoca: delimitar e proteger formalmente a única localidade conhecida, estabelecer uma zona de amortecimento no entorno, monitorar anualmente o hidroperíodo, a qualidade da água e a população e verificar a existência de novas localidades. Paralelamente, diante da inexistência de uma população ex situ contemporânea confirmada, a criação de uma linhagem de segurança legalmente estabelecida e geneticamente documentada poderia representar uma salvaguarda complementar contra a perda catastrófica da única população natural conhecida.