Hypsolebias stellatus apresenta atualmente uma distribuição geográfica conhecida muito restrita e uma forte dependência de pequenos ambientes temporários, tornando a espécie particularmente vulnerável à perda individual de poças. Avaliações de conservação registraram historicamente oito poças temporárias no município de São Francisco, duas delas inseridas na área urbana, e apontaram o avanço urbano da cidade de São Francisco como a principal ameaça registrada. Posteriormente, o PAT Veredas Goyas-Geraes registrou declínio continuado na quantidade e qualidade do habitat, utilizando o enquadramento EN B2ab(ii,iii,iv).

A situação nacional atual é Em Perigo (EN). A categoria consta da Portaria GM/MMA nº 1.667, de 27 de abril de 2026, que reconhece a Lista Nacional Oficial de Espécies da Fauna Ameaçadas de Extinção — Peixes e Invertebrados Aquáticos. A espécie já havia sido classificada como EN na avaliação científica do ICMBio de 2012, após constar como VU na lista nacional anterior.

A principal ameaça deve ser entendida como perda da rede de habitats temporários, e não simplesmente como redução da quantidade de água. A expansão urbana pode provocar aterramento, drenagem, terraplenagem, pavimentação e descaracterização das depressões, eliminando simultaneamente a fase aquática e o substrato onde permanecem os ovos. Alterações na cobertura do solo e outras formas de transformação da paisagem também podem modificar o regime hidrológico das pequenas depressões.

Um aspecto especialmente relevante para a conservação de H. stellatus é que a existência histórica de oito poças não significa que oito populações ainda estejam presentes. Da mesma forma, a ausência de água em uma determinada imagem de satélite não demonstra necessariamente a ausência da espécie. A conservação precisa considerar a integridade da depressão, do solo e do regime sazonal de inundação.

O caso de H. stellatus expõe, ainda, uma fragilidade estrutural das políticas de conservação de rivulídeos no Brasil: exige-se a preservação das populações naturais, mas não se constroem, de forma proporcional à gravidade do risco, alternativas complementares de conservação ex situ. Enquanto habitats são destruídos, populações desaparecem e localidades históricas deixam de ser encontradas, criadores amadores e aquaristas especializados que mantêm essas espécies em cativeiro podem enfrentar restrições legais e burocráticas significativas, mesmo quando possuem experiência, estrutura e disposição para colaborar com sua conservação. O problema não está na necessidade de controle sobre a manutenção e o manejo da fauna silvestre — indispensável para evitar coleta predatória, comércio irregular e perda de integridade genética —, mas na ausência de mecanismos institucionais suficientemente acessíveis e estruturados que transformem a experiência acumulada pelo setor especializado em uma ferramenta formal de conservação. Não parece coerente que o Estado reconheça uma espécie como ameaçada, não consiga assegurar integralmente seu habitat natural e, simultaneamente, não ofereça caminhos efetivos para que a sociedade participe de sua salvaguarda genética. Para espécies anuais de distribuição restrita, a conservação ex situ deveria ser incorporada, sob critérios técnicos, sanitários, genéticos e de rastreabilidade, como componente complementar das estratégias oficiais de conservação, permitindo a formação de populações de segurança e a eventual utilização desses estoques em programas futuros de reforço populacional, reintrodução ou recuperação de populações naturais.